Nell'epoca precedente la cristianizzazione forzata, imposta nel XIV secolo dai Cavalieri dell'Ordine Teutonico, nell'attuale Estonia dominavano principalmente due culti di tipo animista: Taara ("Tharapita") e Maausk ("Religione della Terra").
Arrivati al periodo della Riforma protestante, il Luteranesimo divenne confessione ufficiale nel 1686, sebbene non ci furono consistenti conversioni poiché la Chiesa locale si associò incautamente al potere feudale svedese. La successiva dominazione russa portò l'arrivo del Cristianesimo in versione ortodossa, ma anche in questo caso la popolazione comune non si sentì molto stimolata dall'abbracciare una religione legata al potere straniero di turno.
Il mezzo secolo di oppressione sovietica nel XX secolo, infine, non favorì certo alcuna propaganda religiosa, tanto per il fatto che il regime la considerava "oppio dei popoli", quanto per il fatto che l'indole degli Estoni è più protesa verso le questioni naturali e pragmatiche, piuttosto che su tematiche che riguardano l'aldilà o materie estranee ai problemi quotidiani.
Al primo censimento post-sovietico del 2000, oltre il 70% degli Estoni aveva dichiarato di non professare alcuna religione; andavano poi aggiunti circa 68.000 atei dichiarati.
Questo non significa che non sia diffusa una qualche forma di religiosità non istituzionale: secondo alcuni studi circa il 50% della popolazione crederebbe ad una qualche forma di "spirito", concezione probabilmente legata all'animismo tradizionale pre-cristiano che contribuisce ancora oggi a definire l'identità nazionale del popolo estone.
Al censimento del 2011, la percentuale complessiva di persone non coinvolte dalla religione è rimasta sostanzialmente confermata. Ma la prima confessione più diffusa è risultata il Cristianesimo ortodosso (professato soprattutto dalla minoranza russa), che ha scalzato il Luteranesimo evangelico. Gli ultimi sondaggi confermano che più di 7 Estoni su 10 non è interessato ad alcuna religione.
Nell'immagine sottostante una curiosa combriccola eterogenea di clero estone. Da sinistra verso destra: un Cattolico, un Ebreo, due Evangelici ed un Ortodosso. Rari da incontrare singolarmente per le strade, essi hanno pronunciato alcune parole di rito il 23 agosto 2018 al Memoriale delle Vittime del Comunismo a Maarjamäe (Tallinn), preceduti e seguiti da altre autorità. L'occasione era l'anniversario dell'accordo segreto firmato da Nazisti e Sovietici a Mosca nel 1939 (Patto Molotov-Ribbentrop), 9 giorni prima dell'inizio della Seconda Guerra Mondiale.
La costituzione estone garantisce la libertà religiosa e non riconosce alcuna religione di Stato.
